Pirmoji mečetė Nemėžyje buvo pastatyta 1684 m., tačiau ji sudegė ir 1909 buvo pastatyta nauja, pagal architekto A.Sonino projektą. Sovietmečiu mečetė buvo naudojama kaip sandėlis.
Mečetėje vyksta pamaldos, tais penktadieniais, kai būna jaunas mėnulis. Paprastai jose dalyvauja tik keletas žmonių - daugiau suvažiuoja tik per didesnes musulmonų šventes.
Šalia mečetės yra senosios totorių kapinės, dalis kapinių veikia iki šiol.
