Medininkai yra sena gyvenvietė, minima jau nuo XIV a. Čia, Lietuvai 1387 m. priėmus krikščionybę, buvo įkurta viena iš septynių pirmųjų parapijų ir pastatyta bažnyčia. Dabartinė Švč. Trejybės ir Šv. Kazimiero bažnyčia pastatyta 1931 m. Kaime išlikę senos mūrinės pilies griuvėsiai. Tai seniausia gardinio tipo pilis Baltijos šalyse.
Už 3 km. nuo Medininkų yra aukščiausia Lietuvoje kalva - Juozapynė.
1991 m. liepos 31 d. Medininkų pasienio poste Rusijos smogikų būrys sušaudė pasienio darbuotojus.
