Miestelis rašytiniuose šaltiniuose žinomas nuo XV a., kai jį aplankė Jogaila. XVI a. čia pastatytas dvaras. 1915 m. Bezdonys gavo miestelio vardą.
1943 metais Bezdonių miškuose buvo įkurta koncentracijos stovykla, kurioje buvo nužudyta apie 25 tūkst. tarybinių karių ir 300 žydų.
Miestelyje yra bažnyčia, dvi mokyklos, geležinkelio stotis.
